Pondok Pesantren Darul Musthafa merupakan cabang resmi dari Darul Musthafa Tarim yang terletak di Yaman. Pondok Pesantren Darul Musthafa didirikan pada tahun 1999 oleh Al Habib Sholeh bin Muhammad Al Jufri dan Al Habib Abu Bakar bin Zen Al Habsyi. Berangkat dari keprihatinan atas keadaan dan kondisi yang ada serta niat yang kuat untuk membentuk kader – kader Dai, setelah dilakukan beberapa kali diskusi akhirnya muncul gagasan dan keberanian untuk mengantipasi dan merealisasikan niat tersebut dengan mendirikan pondok pesantren.